آزمایشگاه جامع تحقیقات دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد بر اساس توافق مسئولین دانشگاه و دانشکده‌ها در سال ۱۳۸۰ در دانشکده پزشکی راه اندازی و بتدریج با خرید و انتقال بعضی از وسایل و تجهیزات در راستای امور آموزشی و تحقیقاتی مورد استفاده قرار گرفت. با توجه به سیاستگذاری‌های سال‌های اخیر معاونت محترم تحقیقات و فن آوری وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی طرح کلی آزمایشگاه جامع تحقیقات دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد بر اساس سیاست های کلان وزارت متبوع مجدداً در سال ۱۳۹۵ با امضای موافقتنامه بین دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد و معاون تحقیقات و فناوری وزارت بهداشت در برنامه های اجرایی  مسئولین دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد قرار گرفت و از سال ۱۳۹۶ در پژوهشکده علوم پایه سلامت با استفاده از تجارب قبلی فعالیت‌های خود را توسعه بخشید.

 این آزمایشگاه به منظور تقویت و توسعه رویکرد شبکه ای در زمینه فعالیت های آزمایشگاهی مرتبط با تحقیقات در دانشگاه و مراکز تحقیقاتی وابسته، اقدام به تهیه دستگاه ها، تجهیزات پیشرفته آزمایشگاهی نمود و شرایط و بستری مناسب را جهت استفاده اعضای هیئت علمی، پزوهشگران و دانشجویان در راستای توسعه و تکمیل پروژه های تحقیقاتی فراهم  نموده است. تهیه و خرید تجهیزات و دستگاه های پیشرفته، دقیق و به روز آزمایشگاهی، از طریق شرکت ها و سازندگان معتبر داخلی و بین المللی سرلوحه اقدامات این آزمایشگاه بوده تا بتواند ضمن پاسخگویی به نیازهای محققین آماده ارائه خدمات پژوهشی و مشاوره ای در زمینه اجرای طرح های تحقیقاتی به کلیه مراکز پژوهشی و آموزشی در داخل و خارج از دانشگاه باشد.